Extraction d’ADN
La Plateforme de Ressources Biologiques assure l’extraction d’ADN à partir de différentes matrices (sang, lignées cellulaires, tissus, urine…) par des techniques d’extraction automatisées (Maxwell 16®, Maxwell RSC®, Promega). Ces techniques, utilisant un principe de capture par billes magnétiques, présentent l’avantage de diminuer le temps technicien, de permettre une meilleure reproductibilité des résultats et surtout de limiter la manipulation de produits chimiques dangereux comme le phénol ou le chloroforme.
La qualité de l’ADN extrait étant primordiale et conditionnant la réussite des travaux menés, nous veillons à évaluer la qualité des échantillons d’ADN obtenus :
- La mesure du rapport de DO 260/280 (Nanodrop 2000®) permet de contrôler la pureté des échantillons d’ADN obtenus en évaluant la présence de contaminants (solvants organiques, protéines résiduelles, ARN) dans la solution d’ADN ;
- Le dosage fluorimétrique (Quantus®, Qubit®) permet de quantifier de façon précise la concentration d’ADN ;
- L’intégrité des échantillons d’ADN obtenus est évaluée grâce au score DIN (TaepStation®, Agilent).
Les différentes techniques mises en œuvre à la PRB permettent d’obtenir des échantillons d’excellente qualité. L’ADN ainsi extrait peut être utilisé pour différentes applications en aval, qui peuvent être du séquençage, du fingerprinting, de la PCR, de la qPCR, du southern blotting, du RAPD, de l’AFLP, du RFLP ou des digestions avec des enzymes de restriction.
Retrouvez ici le détail des prestations proposées concernant l’ADN et leur domaine de validité.
Extraction d’ARN
La Plateforme de Ressources Biologiques assure l’extraction d’ARN totaux à partir de différentes matrices (sang, tissus, urine…) par des techniques d’extraction automatisées (Maxwell 16®, Maxwell RSC®, Promega).
La qualité et la pureté des ARN obtenus doivent être adéquates pour les applications prévues en aval. C’est pourquoi la PRB accorde une grande importance aux contrôles qualité réalisés sur les échantillons d’ARN extraits :
- La mesure du rapport de DO 260/280 (Nanodrop 2000®) permet de contrôler la pureté des échantillons d’ARN obtenus en évaluant la présence de contaminants (solvants organiques, protéines résiduelles) ;
- Le dosage fluorimétrique (Quantus®, Qubit®) permet de quantifier de façon précise la concentration d’ARN ;
- L’intégrité des échantillons d’ARN obtenus est évaluée grâce au score RIN (TapeStation®, Agilent).
Les différentes techniques mises en œuvre à la PRB permettent d’obtenir des échantillons d’excellente qualité.
Retrouvez ici le détail des prestations proposées concernant l’ARN et leur domaine de validité.
Extraction de protéines
La Plateforme de Ressources Biologiques assure l’extraction de protéines à partir d’échantillons urinaires par une technique manuelle de précipitation par l’acide trichloracétique. L’extraction peut se faire sur le culot urinaire ou sur le surnageant, après congélation des urines à -80°C.
La Plateforme de Ressources Biologiques peut vous proposer un dosage protéique (méthode BCA) lors de la mise à disposition des échantillons.
Isolement des cellules mononucléées du sang périphérique
Principe du Ficoll
La Plateforme de Ressources Biologiques en mesure de proposer l’isolement de cellules mononucléées du sang périphérique (PBMC) à partir de différentes matrices (sang total, tissus) sur Ficoll® et à partir de tubes CPT®.
Le principe d’isolement de ces cellules repose sur un gradient de densité entre les cellules et le séparateur. Après centrifugation, les cellules mononucléées se rassemblent en un anneau opaque surnageant au-dessus du séparateur. Celui-ci est ensuite prélevé délicatement. Nous réalisons ensuite la congélation de ces cellules en DMSO à -196°C ou à -80°C.
Par ailleurs, la Plateforme de Ressources Biologiques a validé des techniques de cytométrie de flux pour permettre le comptage et la caractérisation des cellules. Un automate Navios® (Beckman-Coulter) est à la disposition de la PRB et permet de créer des panels allant jusqu‘à 10 couleurs. Configuré pour la routine, l’automate assure une grande reproductibilité. Cette technique, modulable à souhait, nous permet de caractériser les populations de lymphocytes T, B et les cellules NK avant congélation dans le cadre de la congélation de cellules vivantes de lymphome.